怪奇现象调查组织SSP成员某天收到了来自艾克斯奥特曼的变身器艾克斯终端。有雨落入了敌人的陷阱，特殊防卫队Xio的队员大空大地（高桥健介 饰）被迫与艾克斯奥特曼解除了一体化的联系。在此之后，大地下落不明，艾克斯奥特曼值得拜托SSP和红凯（石黑英雄 饰）寻找大地。另一方面，时刻企图将美丽的东西变成宝石据为己有的邪恶外星女魔头穆鲁娜奥，而今正打算把地球变成宝石。与此同时，暗黑军团伽古拉也蠢蠢欲动。地球面临最大的危机…… 本片在日本国内61块银幕上同时公映，首周初登场观众满意度排名第一位。
故事讲述了大金刚，一只在军警的围捕下从帝国大厦摔下并且重伤的大猩猩。十年后，大金刚在乔治亚州亚特兰大的一所大学医疗研究中心获得了复活的机会。研究人员开发了人工心脏，并准备为大金刚进行心脏移植手术。然而，他们面临着一个挑战，需要找到与大金刚相同种类的血液。在众人束手无策时，米奇意外地捕获了另一只母猿并将其卖给了政府，以便为大金刚的手术提供必要的血液。艾咪，一位手术专家，负责执行这次手术。然而，手术后的大金刚与母猿逃回了它们的原生地，摆脱了人类的控制。军队随即包围了这两只大猩猩，大金刚在炮击中再次受到严重伤害。同时，母猿也在这次攻击中被捕获。为了营救母猿，大金刚将再次对人类展开肆虐。
