一颗流星将邪恶击落至浩瀚银河的最远端。宇宙地狱挡住了他们的去路。愤怒吧，正义的大剑号！（片头旁白）银河联邦奋力反击由罗伯莱昂将军率领的麦哲伦帝国，后者主要从他们的星球“帝国”入侵银河系，但由于其压倒性的军事实力，他们陷入了劣势。与此同时，每隔950年就会接近“帝国”的彗星“魔星”的力量唤醒了“帝国”的守护神大剑号。“帝国”的二王子利格尔和他的同伴们骑乘大剑号，发动了反击。

SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中，这里远离战场，几乎从未发生过什么战事，驻守在这儿的联邦军的部队也并不多，这一点，并不使少年阿鲁高兴，因为他是一个军事迷，渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿鲁正与朋友们交流时，殖民地内发生了骚动，这是由吉恩的小股侦察部队与联邦发生的冲突所引致，不久，一架受了伤的扎克（改），掠过阿鲁的上空，坠落在离他不远的林间草坪上。被击落的吉恩新兵巴尼，用自己的军衔章换取了阿鲁的摄影机磁卡，这里面记录有阿鲁从联邦的工厂里到的MS组装画面。此外，还有几日前从地球搬来的阿鲁家的邻居红发女郎克丽丝的倩影。巴尼获取的情报，引起了吉恩军的注意，他们立即组建了一支突击小队，执行破坏高达的任务。于是，巴尼所在的小队，依靠一场小规模的战斗的混乱，再度潜入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次与阿鲁相遇。