神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
阳府家主的孙子阳辰，本因迟迟未觉醒道魂被府内族人嘲笑。在绝望之时，突破自身觉醒道魂和器灵皇宇 ，并察觉到以叔叔为首的众人逼迫爷爷让出家主之位。此后阳辰决心提升自己的实力以保护家人，只身前往幽云山寻药。最终破除众人阴谋，守住家主之位。
古药大陆，万族林立，丹师为尊；双生武脉，再现世间！醉卧美人膝，成就丹道至尊！
