在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
在点心公司工作的梦子，因一场事故失去了记忆。 原本是自卑的化身、厌恶自己到不行的梦子，醒来后却变成了超级积极、自我肯定感MAX的性格。 面对与原来性格截然相反的梦子，周围的人难掩困惑，但梦子积极直率的样子，开始一点点地带来变化—— 恋爱、工作、友情！还飘散着一丝事件的气息……？ 爆笑办公室恋爱喜剧！
解放封印，额头出现龙之纹章时，新的真王传说即将宣告开始！这时代出生的摩陀罗，在其出生时的声音同时将魔王米洛克全身的灵力夺取，并丢往黑暗世界去。15年后，灼热的沙漠，在这养育他长大的亲人汰汰罗，将其全身装上机械装置，而摩陀罗也长大成一少年。长年的流浪，最后两人来到和平的尼索之社，并和麒麟相遇，这段期间也得到休息；但好景不常，米洛克的魔爪却来到了这个平和之社。村人被虐杀，连汰汰罗也身负重伤而倒地。另一方面，此刻隶属于米洛克军队的亡国之王子夏凰翔和圣邪神，也倒戈相向并脱离须弥山之控制。在与米洛克军队战斗之中，摩陀罗、麒麟和夏凰翔、圣邪神之宿命邂逅会如何发展下去？心中各有所思的他们，同时前往米洛克帝王所在之须弥山踏上旅程！
