时间为战国时代，世上所具有的各种魑魅魍魉、异形妖怪等非人灵力生物总称为”暗“。喜欢人类的暗——妖狐玉，以及厌恶人类的仙道——迅火，成立了名为“救世姐弟”的组合进行著扫荡罪恶的救世活动，途中遇上了武士兵头真介。另外还有一群专门对付暗的僧侣·断怪众，他们为了消灭对人类作恶的暗“障怪”的以不人道的方式进行人体改造，迅火等人与他们产生激烈冲突！人类当中也有坏人，非人类的存在也不见得都是邪恶的，迅火因过去的事而极其讨厌人类，但在旅程当中，也逐渐目睹到人类善良的一面，他是否能有所转变呢。
企图占领地球的咒冥帝被打败掉进一座黑洞监狱——幽冥狱，发现了北斗星王关押着的三十六天罡星机械兽！咒冥帝便利用自己仅存的能力将机械兽逐一传送到地球夺取天罡星盘，企图利用天罡星盘帮助自己逃离黑洞。地球的守护卫士神兽战队的超人们获得了更强的星甲力量升级为神兽星甲战队，为保护地球与机械兽们展开了一场又一场的战斗！
本季围绕王者大陆中的长安城，从新人云缨加入大理寺开始，她与李元芳携手执行任务，逐步揭开尧天组织的神秘面纱。尽管大理寺与尧天组织的成员们分属不同阵营，但他们都在以??的?式守护着长安，追求着?中的正义。
寻找101体〈Chemi〉！ 新骑士是操纵卡片的〈炼金术师〉！！ 【假面骑士Gotchard】9月3日诞生！！ 101张卡片进行形态变换！？ 高中生一之濑宝太郎，前所未见的冒险故事。 围绕著人工生命体Chemi的战斗开始！！
