斗罗大陆3龙王传说故事结束一万年后，冰化了，斗罗联邦科考队在极北之地科考时发现了一个有着金银双色花纹的蛋，用仪器探察之后，发现里面居然有生命体征，赶忙将其带回研究所进行孵化。蛋孵化出来了，可孵出来的却是一个婴儿，和人类一模一样的婴儿，一个蛋生的孩子。
企图占领地球的咒冥帝被打败掉进一座黑洞监狱——幽冥狱，发现了北斗星王关押着的三十六天罡星机械兽！咒冥帝便利用自己仅存的能力将机械兽逐一传送到地球夺取天罡星盘，企图利用天罡星盘帮助自己逃离黑洞。地球的守护卫士神兽战队的超人们获得了更强的星甲力量升级为神兽星甲战队，为保护地球与机械兽们展开了一场又一场的战斗！
遥远银河彼端，闪耀着一颗孕育魔法神力的星球——维尔哈伦。大陆上存在着四个迥然各异的国家。来自南国的少年界海机缘巧合下进入一间名为“时之歌”的神秘藏书阁打工，在工作过程中结识了来自不同国家的神秘客人，而这些错综复杂的关系有意无意地将他卷入一场深关大陆命运的漩涡……
