得知弟弟在罗马尼亚执行任务丧命后，一位退伍军人与两名盟友联手向神秘的敌人寻仇...

在第一集解决了“毁灭钢眼博士”后，“神奇四侠”已经逐渐适应了新的身份，队员们的生活亦过得有滋有味 。里德（尤安·格瑞福德 Ioan Gruffudd 饰）和苏珊（杰西卡·阿尔芭 Jessica Alba 饰）终于步入教堂，然而，正当婚礼进行到一半时，突然狂风大作，一道银 色闪电在天空闪过。

超级病毒“金美拉”和抗生素在运送途中，被恐怖组织头目Sean Ambrose（ Dougray Scott 饰）盗走，Ethan Hunt（Tom Cruise 饰）率领他的IMF小组接受中情局的任务，找回病毒。 这次，Ethan Hunt找到了女飞贼Nyah Nordoff-Hall（Thandie Newton 饰）搭档，后者是Sean Ambrose的前女友。Ethan Hunt在获取Nyah信任的同时，二人也暗生情愫。 但是，为了完成任务，Ethan Hunt不得不安排Nyah回到Sean Ambrose身边卧底。 Nyah终于打探出病毒所在的药厂，接获情报的Ethan Hunt前往药厂准备销毁病毒；另一边，Sean Ambrose已经察觉出了Nyah回到自己身边的真正目的，组织人马在药厂等待Ethan Hunt自投罗网。 激烈的搏斗中，Nyah为了帮助Ethan Hunt完成任务，将病毒注入了自己体内，只有在20个小时之内将抗生素注入Nyah体内，才能挽救她的性命，Ethan Hunt又将面临不可能的任务。

特工汉纳威（乔什·哈洛威 Josh Holloway 饰）执行任务时遇害，核机密文件被女杀手莫伦（蕾雅·赛杜 Léa Seydoux 饰）截获。为了找回文件，特工班吉（西蒙·佩吉 Simon Pegg 饰）和特工简（宝拉·巴顿 Paula Patton 饰）从俄罗斯监狱救出了伊桑·亨特（汤姆·克鲁斯 Tom Cruise 饰）。他们接受的幽灵协议任务便是从克林姆林宫盗取核军事密码。然而，当他们接近目标时，却发现被恐怖分子亨德里克斯（迈克尔·恩奎斯特 Michael Nyqvist 饰）捷足先登，抢走了核军事密码。在爆炸中，亨特受困医院，遭俄特工的追捕，幸好他身手矫捷，才化险为夷。不过，亨特的上司也在混乱中丧生，只剩下其助手布兰德（杰瑞米·雷纳 Jeremy Renner 饰）与亨特死里逃生，加上班吉和简，逼上绝境的四人开始了最后一搏，从迪拜到印度，他们出生入死，与恐怖分子斗智斗勇…

艾司·范杜拉（乔什·佛雷特 Josh Flitter 饰）是一个12岁没有什么运动天赋的小胖子，也许遗传了父亲的基因，他从小便热爱动物，尤其喜欢帮助小动物们排忧解难。为了迎合他的爱好，艾司的母亲梅丽莎（安·库萨克 Ann Cusack 饰）专门找到一份野生动物园的工作。不过，艾司似乎有些过于痴迷，他的某些行为举止甚至都跟动物相近，这令梅丽莎很是困扰，她无数次规劝儿子要让自己变得正常一些。艾司虽然小心奉行，但仍然技痒难耐。某天，动物园中来自中国的熊猫宝宝叮当被人盗走，而所有的证据都指向梅丽莎。为了帮妈妈洗脱罪名，艾司在爷爷的鼓励下，开始踏上寻找叮当的征程…… 

故事发生在繁荣昌盛的尼罗河畔，在天神荷鲁斯（尼古拉·科斯特-瓦尔道 Nikolaj Coster-Waldau 饰）的和平统治之下，百姓们安居乐业，生活在一片祥和之中。然而好景不长，邪恶的黑暗之神赛特（杰拉德·巴特勒 Gerard Butler 饰）利用阴谋诡计夺走了荷鲁斯的王座和双眼，将他驱逐囚禁，赛特生性残暴而好战，很快，整个国家陷入了混乱之中。