Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。（有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
为了迎接未知的挑战，闪电机甲全新升级加入作战，他们的机车可以变形为机甲状态，动物们可以通过跟小雨点结合进而召唤出带有动物特点的武器，对抗以霹雳为首的恐龙队。护卫队成员们在任务中相互协作，发挥各自特长，不仅帮动物们解决问题，还向动物们学习本领，一起成长！
少年秦阳资质斐然，拥有令人艳羡的修炼神器“星门”，奈何这份幸运却在一夕间被人夺走。濒死时，秦阳体内尘封至宝“封神珠”开启，自此恢复前九世记忆，获得新生。同时，家族陷入前所未有的危机，面对重重考验，秦阳独当一面，凭借前九世积攒的经验和阅历，一次次突破困境。岂料，阴谋家们依然步步紧逼，为了守护珍视之人，秦阳选择抗争到底。
