Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。（有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
阳府家主的孙子阳辰，本因迟迟未觉醒道魂被府内族人嘲笑。在绝望之时，突破自身觉醒道魂和器灵皇宇 ，并察觉到以叔叔为首的众人逼迫爷爷让出家主之位。此后阳辰决心提升自己的实力以保护家人，只身前往幽云山寻药。最终破除众人阴谋，守住家主之位。
为了迎接未知的挑战，闪电机甲全新升级加入作战，他们的机车可以变形为机甲状态，动物们可以通过跟小雨点结合进而召唤出带有动物特点的武器，对抗以霹雳为首的恐龙队。护卫队成员们在任务中相互协作，发挥各自特长，不仅帮动物们解决问题，还向动物们学习本领，一起成长！
末日世界，绝境逢生
从一个灵气枯竭的末法时代，来到了武道昌盛的世界，诡异死亡的灵种，危机四伏的局面，让处于深渊的王昊何去何从？
寻找101体〈Chemi〉！ 新骑士是操纵卡片的〈炼金术师〉！！ 【假面骑士Gotchard】9月3日诞生！！ 101张卡片进行形态变换！？ 高中生一之濑宝太郎，前所未见的冒险故事。 围绕著人工生命体Chemi的战斗开始！！
